由于合併不仅会对公司的股东、债权人产生重要影响，也会对公司经营管理人及从业人员产生重要影响，所以各合併公司代表人在开始法定程式以前，一般都要反覆协商，取得一致意见，并将其意见用协定书的形式记载下来，法定合併程式大致如下（1）董事会作成合併契约。参与合併的各公司的董事会作成合併契约，合併契约必须採取书面形式，记载法定事项。主要事项有拟合併的方式、合併的条件、合併后存续公司或新设公司的名称、新公司的章程、把每个公司股份转换为存续公司或任何其他公司的股份、债务或其他证券，或者全部地或者部分地转换为现款或其他财产的方式和基础；有关合併所需的其他条款等。（2）股东会作出合併的决议。合併公司代表人将合併契约提交股东会讨论。在人合公司，批准该契约应经全体股东同意；在资合公司，则应由股东会就批准契约事形成特别决议。股东不同意合併，在股东会开会前或开会中，以书面形代表示异议或以口头形代表示异议并经记录者，可以放弃表决权，而请求公司收买其持有股份。公司则按当时的公平价格收买这些股份。（3）结算资产负债。公司决议合併时，应结算资产负债，编制负债表及财产目录以便查阅。（4）通告债权人。合併经公司的股东或股东会批准后，各公司代表人应于一定时期内（如自批准日起二周内）实行保护债权人的程式，即董事会催告已知债权人及公告其他债权人，声明债权人若对合併有异议，应在一定期限内提出，逾期不提异议者视为承认合併。债权人若提出了异议，公司应清偿已到履行期的债权，或对未到履行期的债权提供担保。（5）公司合併股份、移交财产。在此基础上，合併后的存续公司召开股东会，公司代表人报告合併经过。合併后的新设公司应召集创立会，由各公司推举的设立委员报告合併经过并完成设立行为。（6）申请登记。合併公司完成上述程式后，应在一定期限内（一般为15天或两个星期）到登记机关申请合併登记。日本商法规定在登记前还要向公证交易委员会申报，以防止合併垄断。登记分为三种形式，存续公司应进行变更登记；新设公司应进行设立注册登记；被解散公司应进行解教登记。各种不同类型的公司进行合併登记时，其申请的代表人不同。无限公司由全体股东申请；有限公司由全体董事申请；股份有限公司由半数以上的董事申请；两合公司由全体无限责任股东申请。公司合併因登记而发生效力。