审计线索对审计来说是极为重要的。在手工会计中，审计线索包括会计凭证、账簿、报表等会计资料。这些资料都反映在书面上，审计人员利用这些资料就能够从原始凭证开始，通过记帐凭证、帐簿追蹤到会计报表，或者对报表之间、报表与帐簿之间的会计数据的勾稽关係进行审查，通过这些可见的审计线索检查证、帐、表数据所反映的经济业务的合法性，通过每个会计人员手写笔迹的不同，确定每一责任人完成业务的正确性。，在手工会计中，会计人员对经济业务的详细记录都跃然纸上，审计人员所需的审计线索，都可以通过这些书面记录加以审计。审计人员进行审计，完全可以根据需要进行顺查、逆查或抽查。，在电算化会计中，计算机的使用改变了会计记录的存储与处理，表现在以下几方面。

1.会计凭证的存储与处理。原始凭证或记帐凭证一经输入计算机，便以档案的形式存入机内的数据档案。并且原始凭证一旦转换到机器可识别的输入介质上，就不再在数据处理过程中使用；在某些系统中传统的原始凭证可能由于採用直接採集数据的设备而不复存在（如在在线上实时处理系统中即如此）。

2.帐簿的存储与处理。总分类帐为档案所代替，而在主档案中可能看不出计算汇总数据所依据的明细数据。明细分类帐採用满页列印方式，因而导致两类数据之间的日常核对只能在机内进行。帐簿登录时，通过计算机登帐程式自动执行，使用的是哪一种记帐程式难以判断。

3.报表的编制採用按事先定义的公式到帐簿档案，其它报表档案中取数计算、数据来源、公式定义、编制结果、列印格式等均採用机内档案的形式。由于磁性介质修改不留痕迹的特点，使审计人员很难相信列印输出的会计报表正是根据企业单位提供的公式定义档案加以编制的。假如有人在歪曲公式定义档案之后编制失真的财务报表，然后对公式定义档案复原，在这种情况下，审计人员便不能根据机内的公式定义档案作出判断，认为报表的编制是正确的。

以上种种情况表明，由于计算机採用磁性材料作为存储介质，处理过程都在机内档案之间进行，因而使审计人员难以像在手工操作环境下那样对经济业务进行追蹤审查。，电算化会计信息系统设计时要注意留下充分的审计线索，使审计人员在电算化条件下也能跟蹤审计线索顺利地完成审计任务。在现阶段，儘管财政部在有关会计电算化制度中规定，所有凭证、帐簿、报表仍然应当列印输出，使审计人员在审计工作中增加了审计的线索，但应当看到的是，这些书面的记录是否与会计软体的正确处理结果同出一辙，尚有待于进一步的验证。