MK检验的原理是在无选择作用的中性条件下，所研究基因的种内的同义、

非同义突变应与种间同义、非同义突变成正比。反之，则推翻零假设，即基因在

不同物种中受到了选择的作用。MK检验思路简洁，计算简单，但在检验中性假说

方面却很有说服力。而且该检验与以上提到的检验相比，不需要很多假设限制，

重组和种群大小的动态对检验结果没有影响。McDonald和Kreitman(1991)对所研究

的DNA序列的位点进行分类，以区分种内差异和种间差异。将种内个体间无

硷基差异而种间有明显硷基差异的位点，定义为固定位点(fixed site)，作为种间差

异的标誌。将种内个体间有硷基差异的位点，定义为多态性位点(polymorphic site)，

作为种内多态性的标誌。分辨出样本的多态位点和固定位点之后，将各位点上的

突变再按同义突变位点和错义突变位点加以区分。按照MK检验的原理，在中性条

件下

Pn/Ps=Dn/Ds,

式中Dn代表既是非同义突变位点又是固定位点的位点数，Ds代表既是同义突变位点

又是固定位点的位点数，Pn代表既是非同义突变位点又是多态位点的位点数，Ps代

表既是同义突变位点又是多态位点的位点数。

当选择作用存在于不同物种中时，上式两边会不相等。此时，可用统计学的

G-test检验等式两边比例差异的显着性。若显着，也就是说物种间的错义突变数目

大于基于种内多态性估计得到的期望值，说明基因在物种间受到了选择作用（周

琦等，2004）。根据MK检验的原理可以看出，其套用的範围有限制，即只能对蛋

白质编码区进行检测，而且只能利用DNA序列的数据。MK检验可以利用DnaSP软

件计算。