临床信息系统CIS相对于医院信息系统HIS而言，是两个不同的概念。HIS是以处理人、财、物等信息为主的管理系统，CIS是以处理临床信息为主的管理系统。HIS是面向医院管理的，是以医院的人、财、物为中心，以重複性的事物处理为基本管理单元，以医院各级管理人员为服务对象，以实现医院信息化管理、提高医院管理效益为目的。而CIS是面向临床医疗管理的，是以病人为中心，以基于医学知识的医疗过程处理为基本管理单元，以医院的医务人员为服务对象，以提高医疗质量、实现医院最大效益为目的。