DIP蛋白相互作用资料库（Database of Interacting Protein，DIP）研究生物反应机制的重要工具。DIP 可以用基因的名字等关键字查询，使用上较方便。查询的结果列出节点 (node) 与连结 (link) 两项，节点是叙述所查询的蛋白质的特性，包括蛋白质的功能域（domain)、指纹（fingerprint) 等，若有酶的代码或出现在细胞中的位置，也会一併批注。连结所指的是可能产生的相互作用，DIP 对每一个相互作用都会说明证据（实验的方法）与提供文献，，也记录除巨量分析外，支持此相互作用的实验数量。DIP 还可以用序列相似性（使用Blast)、模式 (pattern) 等查询。至2002 年6 月，已收录了约一万八千个蛋白质间的相互作用信息条目。

BIND 所收录的资料较少，不过其呈现的信息方式比DIP 要实用，除了记录相互作用条目外，还特别区分出其中的一些複合物及其反应路径。因为複合物与反应路径中含有多种相互作用，所以至2002 年11 月就收录有的相互作用总数约一万一千多条。在BIND 中所纪录的内容与DIP 相似，包括蛋白质的功能域、在细胞中表达的位置等。对于蛋白质间的相互作用，以文字叙述的方式呈现证据，并提供文献的连结。BIND 这种区分出複合物与路径的作法，让使用者能节省许多解读数据的精力，这是比DIP 强的地方；在查询接口上，除了可以用关键字、序列相似性等搜寻外，还允许使用者浏览资料库中所有的资料。BIND 在收录资料时主要是利用文献，他们提供PreBIND 这个工具，使用者可用PreBind 浏览他们正在处

理的一些可能的互动作用，所提供的文献连结，让使用者可自行判断所寻求的相互作用是否为真。

PubGeneTM是一个文献资料库，收录可能有关的基因或其蛋白质产物。它利用的假设是两个基因的名字若出现在同一篇文章内，就可能代表它们相关，计算出现某两个基因名字的文章篇数，可作为其收录的準则。这个资料库分别收录了人类、小鼠、大鼠中，已知基因的所有两两组合。虽然这样的作法，无法精确地区分两个基因是因为出现在基因组上的邻近位置，或是有相似的基因表达模式，或是蛋白质间可能有的相互作用，却可有助于使用者研究感兴趣但在DIP、BIND 中找不到的蛋白质。