1986年初，部分第一开发部的成员脱离任天堂自立门户，在横井军平的斡旋下任天堂出资收购了IS社，IS社在FC时代先后推出《家庭大作战》（《Famicom Wars》）和《火焰之纹章》（《Fire Emblem》）两款不朽名作系列。横井军平作为IS实质的掌舵人，对于该社的管理相当宽鬆，在人才招募尺度上完全迥异于本社的高学历体制，FE之父加贺昭三当初只是某工业补习夜校的教师，加入IS社时已年过40。第一开发部出品游戏的总和销量虽然略逊色于情开，但其作品却以高难度深得广大核心玩家的钟爱。

1987年的初秋，一家任天堂投资的美国电脑软体公司宣布破产。在破产清算的过程中，负责人加贺昭三发现了一本布满灰尘，里面画满了条条框框示意图的业务企划书。他将这本书带回日本的他组建的当时已经成为任天堂子公司的Intelligent Systems会社。在两位创办人成广通与町田敏的协助下，他对这个企划书加以改进。新的企划书向任天堂本社提交，作品被命名为《火焰之纹章》。加贺昭三作为企划、导演、剧本设定者的游戏製作小组正式宣告成立。1990年4月20日，《火焰之纹章暗黑龙与光之剑》在日本发售，在FC末期获得了近33万的销量。

进入SFC时代后，任天堂投入重金全力打造《银河战士》和《火焰之纹章》两大品牌，两款游戏都使用了24Mb大容量，《超级银河战士》仅在日本就突破了百万大关，《火焰之纹章纹章之谜》也超过70万份。1994年1月21日，延续暗黑龙与光之剑的SFC游戏《火焰之纹章纹章之谜》推出。游戏分为两部分，上半部是一代的流程缩短版，下半部则是后续剧情。该作建立在一代的系统设计基础并加以改进，得到广泛好评。纹章之谜发售后很快突破了60万套，最终销量约78万套。加贺昭三也成为可获得与任天堂老闆山内溥同桌对饮的少数製作人之一。

INTELLIGENT SYSTEMS曾经是任天堂最早的第二方，N64时代因为受到横井军平退社事件影响倍受冷遇，许多员工被调离充实本社部门。1998年后任天堂逐渐意识到该社的重要性，将新招募的“杰克与豆之巨木计画”团队归併入IS社，该社的实力得到恢复，连续推出《口袋妖怪剪影》和《马里奥故事》等作品。