CLIP-seq,又称为HITS-CLIP，即紫外交联免疫沉澱结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。
概念
其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质複合体沉澱之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。
类似的方法
PAR-CLIP ，用于识别RNA结合蛋白的结合位点和microRNA-核糖核蛋白複合物（miRNPs）的另一种方法；
RIP晶片 ，相同的目标和第一步骤，但不使用交联，使用微阵列而不是测序；
ChIP-seq ，寻找，DNA的相互作用而不是RNA；
SELEX ，找到一个共识结合序列的方法。