FVCOM的原始方程主要包含动量方程、质量连续方程以及温度、盐度和密度方程。

在物理和数学上用Mellor-Yamada 2.5阶垂向湍流闭合模型及 Smagorinsky水平湍流闭合模型对方程组进行闭合。在垂向上适用 坐标系或通用垂向坐标系对不规则底部地形进行拟和，在水平上利用无结构三角形格线对水平计算区域进行空间离散。

在数值计算上，利用对水平三角形控制体进行通量有限体积积分的 方式对控制方程进行离散求解。

该有限体积积分方法结合了有限元方法的自由几何拟和特性和有限差分方法的离散结构简单及计算高效的特性，从而能综合这两种方法的优点。利用有限体积积分格式，能更好地保证複杂几何结构的河口海湾及海洋计算中的质量、动量、盐度、温度及热量的守恆性。FVCOM模型对数值处理方法和岸线地形拟和上的优势使其在河口海岸地带得到了广泛套用。

FVCOM包含了多种物理、水质、生态计算模组，FVCOM模型输入输出基于标準化NETCDF格式，具有平台通用兼容性，并能使用VISIT可视化软体是输入输出结构进行快速二维/三维可视化。该模型基于Fortran 90/95标準，且在MPI (Message Passing Interface)的框架下实现计算并行化，可以在共享记忆体及分散式记忆体多计算节点的高性能计算机上实现并行快速模拟。