济宁港划分为任城、微山、梁山、汶上、嘉祥、邹城、金乡、鱼台8大港区。8大港区下设26个功课区，泊位225个，预留泊位29个。其中，任城港区为核心港区，主要包括跃进沟功课区、郭庄功课区、龙拱河功课区、泗河口功课区,以煤炭、矿建材料、件杂货和货柜运输为主。主要为鲁西南地区对外物资交流及周边地区煤炭资源开发和沿河工业发展服务。微山港区以煤炭、矿建材料、非金属矿石等散货运输为主，主要为当地矿产资源开发外运和城市建设服务,相应发展旅游客运。梁山、汶上、嘉祥、邹城、金乡、鱼台港区以煤炭、矿建材料和件杂货运输为主，主要为当地经济发展和煤炭资源开发服务。

济宁属于淮河流域南四湖水系，境内流域面积大于50平方公里的河流91条，总长度约1516公里。内河航道总里程1100公里。其中三级航道131.5公里。济宁港是京杭运河中段的交通枢纽，通航总里程可达1020公里。京杭运河三级航道已开通，1000吨级的船舶沿运河南下，可直达杭州，并可抵达长江流域各地。

随着京杭大运河的疏浚贯通，沿河城市的内河运输业也随之发展起来。济宁市是山东省最大的煤炭生产基地，2009年原煤产量达到8115万吨，占全省煤炭生产总量的56.4%，居全国第三位。济宁外销的煤炭80%、建设用的黄沙60%都是通过航道由济宁港完成的，年产煤炭济宁港作为全国28个内河主枢纽港之一，发挥着北煤南运的作用。

济宁森达美港是由马来西亚森达美集团于2008年投资建设，目前拥有四个作业区，以散货、件杂和货柜装卸、仓储为主要经营业务，是山东省内河最大的散货、件杂货、货柜和液化品港口。

《济宁港总体规划(2013年—2030年)》获得交通运输部和山东省人民政府联合批覆。济宁已确定未来五年港航发展目标任务，争取到“十二五”末，年吞吐量将达到1.18亿吨，2030年达1.35亿吨，货柜分别为11万TEU和31万TEU，新增高等级航道140公里，通航总里程达到1200公里；新建大型专业化泊位57个，形成8大港区110个泊位；新增码头通过能力4290万吨，船舶总运力达到750万载重吨。