水利部水文水资源监控工程技术研究中心于2006年经水利部批准组建，主管部门为国家水利部，依託单位为水利部南京水利水文自动化研究所。

水利部水文水资源监控工程技术研究中心主要任务套用现代科学技术，依靠思维创新、体制创新、机制创新和科技创新，积极研发与完善自动化水平较高的水文水资源监控所需要的感测器设备、採集和控制系统、通信和网路系统、数据与信息服务系统和满足不同需求的业务套用系统。

水利部水文水资源监控工程技术研究中心通过国际合作，引进消化国外水文水资源监控新技术。开展水文水资源监控的技术研究、开发、交流、培训和谘询，承担国家及行业有关技术标準及规范的制定或修订的技术工作，全面提高科研技术水平和科技成果转化能力，建立科技服务和推广运行体系。

水利部水文水资源监控工程技术研究中心实行“开放、流动、竞争、协作”的运行机制，充分利用水利部南京水利水文自动化研究所现有的人才、技术和设备优势，通过联合攻关、技术创新和技术辐射等形式，加快水文水资源监控先进设备的研发，促进科技成果的转化与推广套用。