在语言学分类中，印尼语属于马来-玻里尼西亚语系。印尼语源自于苏门答腊岛东北部的马来语，是该语言的一个地区性变种，同标準马来语有超过80%的同源性。1972年以前印尼文和马来文的拼写大不相同，这是由于1972年以前印尼文拼写系统由荷兰人发明的，而马来文拼写系统则是由英国人开发的。为了能使到印尼语与马来语书面文字达到统一1972年印尼政府推出以马来文拼写系统为标準的精确拼音（Ejaan Yang Disempurnakan）使到现在的印尼语跟马来语拼写非常接近。马来语和印尼语都使用拉丁字母，属于单位元组文字。同西欧语言相比较，印尼语的语法非常简单。

印度尼西亚共和国的官方印尼语称为巴哈萨（Bahasa，在印尼语里就是“语言”的意思）。在印度尼西亚的2.3亿人口中，有超过300种方言。某些年长的印尼人能够说一些荷兰语，在商业、游览和教育方面也通用英语。

基本上，所谓“马来语言”和“印尼语言”的区别，是基于政治上的原因，而不是基于语言学上的考虑。使用这两种语言的人基本上是可以互相沟通的，虽然有不少语彙不一定完全相同。，值得注意的是，很多马来方言彼此之间反而无法完全互相沟通。比如说，对很多马来人而言，他们就很难理解吉兰丹语（Kelantanese）的发音。，印尼爪哇的马来语（Javanese Malay），则是拥有很多特有的辞彙，即使是熟悉马来语的马来人也无法完全理解这些辞彙的意思。

马来语和印尼语之间的差别，可以类比为英式英语（British English）和美式英语（American English）之间的差别。使用这两种语言的人基本上是可以彼此沟通的，只是在书写系统的拼音和语彙上有一些差异。造成这种差别的主要原因，是由于印尼语从爪哇语和荷兰语中借用了不少辞彙。比如说，马来语中的“邮局（post office）”是“pejabat pos”，印尼语中的“邮局”则是“kantor pos”，这是借用“kantoor”这个荷兰语---荷兰语中的“办公室（office）”---而产生的辞彙。

在20世纪以前，由于多数的马来人都信奉伊斯兰教，所以他们是使用一种叫做“Jawi”的改良式阿拉伯字母书写系统来进行书写的。之后，一种叫做“Rumi”的拉丁字母书写系统，则逐渐在日常生活中取代了“Jawi”原本的地位。马来西亚和印尼在书写系统上的差别，其实正反映了当时统治两地的不同殖民政府---英国殖民政府和荷属东印度公司---在书写系统上的差别。

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在印尼语中，英文字“moon”中的母音，是遵循荷兰语的习惯而写成“oe”。在日本占领印尼的时候，这个母音又被日本殖民政府改为“u”（，印尼第一任总统苏卡诺的名字，也从Soekarno被改为Sukarno）。同样地，在1972年以前，英语“chin”中的子音，虽然在马来语中是用“ch”来表示，在印尼语中，则是遵循荷兰语的习惯而书写成“tj”。所以，“孙子”在马来语中的写法是“chuchu”，在印尼语中的写法却是“tjoetjoe”。

这种情况一直到了1972年才有所改变。由于印尼“Ejaan Yang Disempurnakan （精确拼音；Perfected Spelling）”的公布，马来语和印尼语中书写系统的这些差异才有了缩小的迹象。比如说，在这之后，马来语的“ch”和印尼语的“tj”，都一律改成“c”，“孙子”就变成了“cucu”。，印尼语也不再使用“dj”，而是使用马来语中已经採用的“j”，，雅加达的拼法，就从“Djakarta”变成了“Jakarta”。原本在印尼语中被保留来发半母音的“j”（即英语“young”的第一个发音），也由马来语中的“y”所取代。

虽然马来语和印尼语在书写系统上已经几乎获得了统一，，由于某些历史上的原因，这两种语言的某些辞彙还是有点差异。比如说，“钱”在马来语中是写成“wang”，在印尼语中则是写成“uang”。