在荒地迷路的小智一行人遇到「广美」，以水中神奇宝贝表演而出名的码头巡迴团明星。广美是水之民的后裔，可以体会水系神奇宝贝的内心。小智等人便听广美诉说着水之民流传已久的传说。原来在海洋深处，水之民的族人建造了「海之神殿－亚库夏」，里面供奉隐藏着珍宝「海之王冠」。这神殿只会在月全蚀的时刻出现，而目前谁也没看过这顶王冠的真面目这时出现追寻传说之谜的神奇宝贝保育家「杰克？渥克」（暱称杰奇）。原来杰奇的机密任务是要把苍海的王子──玛纳霏的蛋给安然送进神殿里。于是广美和小智等人也协助这项任务。