仰慕身为前次大战英雄的阿斯兰·萨拉，而视拉克丝·克莱茵的影武者米娅·坎贝尔为情敌，让回到Z.A.F.T.的阿斯兰饱受女难之苦。

在一次跟蹤阿斯兰的行动中，得知米娅是冒牌货的事实，因为不能说出去而苦恼。

对P.L.A.N.T议长吉尔伯特·杜兰达尔的作为抱着怀疑的阿斯兰，驾驶着ZGMF-2000 烈焰古夫和美玲一同逃走而遭到真和尼尔的攻击。之后被因为尼尔的诱导的真击落。得知此事的露娜，因为失去妹妹和仰慕之人而大受打击，认为是LOGOS造成的这一切。于是一边倾力替Z.A.F.T.讨伐LOGOS，一边向真寻求精神上的支持，两人因心灵上的契合而产生了感情。但在弥赛亚攻防战时，飞鸟真因爆seed战力大增，发动蝴蝶翼準备秒杀阿斯兰。关键时刻善良的露娜为救阿斯兰乱入至飞鸟真的攻击轨道，此时的飞鸟真陷入了痛苦的抉择，一面是强大的敌人，一面是患难与共的爱人，最终飞鸟真选择了爱人露娜。偏转命运高达的方向，减速蝴蝶翼的冲杀。阿斯兰及时抓住剎那间的破绽，反败为胜击败了飞鸟真与命运高达。之后真从露娜怀抱中醒来，所见的却是镇魂曲的毁灭和即将消亡的弥赛亚要塞，两人相拥而泣....

与妹妹美铃和解，并与妹妹美玲和真飞鸟一起回到PLANT，和真飞鸟继续发展这段不可思议的感情。

先:ZGMF-1000 ザクウォーリア(Zaku Warrior)

炮击型扎古勇士

ZAFT军停战后开发的新世代MS“新千禧年系列”的第一期型为了对应各式各样的战局，能更换追加各式装备和武器。

是ZAFT军下期主力MS。绿色是制式颜色，红色是露娜玛利亚的专用色。

Impules Gundam——ZGMF-X56S（脉冲高达）

在《尤利乌斯条约》缔结后，PLANT开发的ZAFT军最新锐机体。

根据条约，因为禁止使用NJC，所以装载着新开发的能源供给系统“氘核光束送电系统”。

搭载这个系统，是5架“次世代”MS共通的特徵。

在真·飞鸟换乘ZGMF-X42S Destiny 命运高达之后，本机驾驶者变更为露娜玛利亚·霍克。

本机X56S考虑到机体的扩张性，由3个单元构成。那个的核心是被称作核心飞梭的战斗机。

Core Splendor搭载了变形机构，能变形成独立型的驾驶舱单元。以其为核心，和作为上半身的Chest Flyer，以及作为下半身的Leg Flyer合为一体构成这个MS。

X56S是以富有泛用性为基本的机体，基本武装是腰两侧装甲里装备着的对装甲小刀“M71-AAK 摺叠剃刀（Folding Razor）”。

本机的最大特徵是拥有名为“Silhouette系统”的武装换装机构。最大限度地活用这个机构的话 X56S能按照各种各样的战局，瞬间使战术与之对应。

基本準备的Silhouette有3种。以高速战斗、高机动型、光束兵装为基调的“Force Silhouette”，装备了对舰雷射刀“石中剑（Excalibur）”和光束迴旋镖的接近战斗型“Sword Silhouette”，装备了大型光束炮和飞弹发射器、磁轨炮、光束标枪的长距离炮击型“Blast Silhouette”。

特别是安装了Sword和Blast时机体的VPS的特性变化，Sword变成红色，Blast以深绿色作为基调的色彩配合是各自的特徵。

MMI-GAU25A 20mm CIWS X 2

M71-AAK 对装甲小刀“摺叠剃刀（Folding Razor/フォールディングレイザー）”X 2

MA-BAR72 高能量光束来福枪

MMI-RG59V 机动防盾

C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，就在自己的眼前，少年真·飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物，就只有妹妹掉落的手机……获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士……

C.E.73年10月2日，奥布联合酋长国首相卡嘉莉.尤拉.阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万，决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈，与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰；而就在同一个地方，ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。一派轻鬆的气氛下，“密涅瓦号”所属的真也与同事尤兰等人上街闲逛，并偶遇秘密潜入阿莫利万的地球联合军特务部队所属成员......斯特拉.鲁西耶，但双方并不知道彼此的真实身份。

就在入水仪式即将举行的时候，阿莫利万的MS格纳库遭到了地球联合军特务部队的突然袭击，ZAFT军所开发的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS部队损失惨重，而卡嘉莉和阿斯兰也陷入危险之中。就在这危急时刻，飞鸟真驾驶剑装备型脉冲高达挡在三架高达的面前。

在整部动画中，DESTINY一词贯穿主题。

真和露娜