2012年3月23日，中国科学技术大学与安徽省立医院在北京签署《中国科学技术大学—安徽省立医院战略合作框架协定》。安徽省副省长谢广祥、中国科学院副院长张亚平、中国科学技术大学校长侯建国出席签字仪式。根据协定，中国科学技术大学与安徽省立医院将依託各自优势和资源开展全面战略合作，共同构建由研究院所、医疗卫生机构等组成的新型国家生命科学与医学科技创新合作体系，建立前沿生物学科、基础医学研究与临床医学相结合的转化与套用联盟。

2012年10月10日，第九届校学术委员会第九次会议，田志刚教授汇报“中国科学技术大学医学中心”的调研、筹建情况。校学术委员会一致同意成立“中国科学技术大学医学中心”，并提请学校适时启动医学院建设。

2012年12月26日，学校正式批准成立“中国科学技术大学医学中心”（校科字[2012]267号），为学校独立科研机构，田志刚教授任中心主任。

2013年1月5日，医学中心任命胡世莲、许戈良、廉哲雄、王均教授为中心副主任，并成立医学中心第一届学术委员会，主任委员为田志刚教授，副主任委员为胡世莲教授。 2015年1月8日，第十届校学术委员会第一次全体会议，田志刚主任汇报中国科学技术大学医学中心建设进展。会议提议学校儘快启动医学院筹建工作2015年1月31日，学校正式批准成立医学院筹备组，在中国科学技术大学医学中心基础上，筹建医学院，廉哲雄教授担任组长，王均教授、周荣斌教授担任副组长（校科字[2015]22号）。
中心成员共有教授/特任研究员21人，副教授/特任副研究员14人，含教育部长江学者特聘教授1人，基金委“杰青”获得者3人，中国科学院“百人计画”入选者13人，中组部“青年千人计画”入选者3人，基金委“优青”获得者3人，教育部新世纪优秀人才支持计画入选者2人。2014年成员承担各类科研项目90余项，包括科技部重大科学研究计画（首席单位）、国家传染病重大专项（主持单位）6项，国家自然科学基金创新群体1项（滚动支持），国家杰出青年基金1项，国家自然科学基金重点项目7项等。

中心成员曾获得2008年国家自然科学二等奖（“介导肝脏损伤与再生的天然免疫识别及其调控机制”，第一完成单位），2011年国家科技进步二等奖（“人体免疫应答影响B型肝炎临床转归及抗病毒疗效的研究”，第二完成单位）；“恶性肿瘤细胞可塑性的调控机制及其靶向治疗的研究”获2014年广东省科学技术奖一等奖（第二单位）。

为进一步落实近期召开的我校“新学期学位与研究生教育工作会议”的精神以及与安徽省省立医院全面战略合作框架协定，3月18日下午，我校于安徽省省立医院召开医学学科建设工作研讨会。张淑林副校长、研究生院古继宝副院长、校学位办倪瑞主任以及医学中心田志刚主任、胡世莲副主任、许戈良副主任、廉哲雄副主任、王均副主任及多位教授参加了会议。会议由周丛照副院长主持。
省立医院党委书记兼医学中心副主任胡世莲教授对省立医院的历史、医疗与科研进展、学科建设等情况进行了介绍。随后田志刚教授从医学中心的筹建开始，细緻回顾了我校医学学科的发展和建设历程，汇报了我校与省立医院联合建设医学中心的进展，并对我校医学学科总体现状进行了分析；省立医院院长许戈良教授对临床医学学科建设情况进行了分析和展望。参会的各位教授对我校医学学科的建设和发展进行了热烈讨论，并提出了许多建设性意见和建议。
张淑林副校长听取发言和讨论后讲话。她肯定了过去两年多时间医学学科建设所取得的成绩，并建议进一步融合学校和省立医院的学科优势、资源优势和人才优势，加强医学学科建设和研究生培养工作，推动以基础医学、临床医学和药学相结合的转化医学研究的医学学科建设快速发展。