印尼在室利佛逝王国和满者伯夷王国(1293～1478)统治时，居民大多信奉印度教和佛教。11世纪初，大批阿拉伯、印度的商人由海路到苏门答腊的一些地区，同当地居民通婚定居下来，并在巴赛，亚齐、霹雳等地建立穆斯林商业城邦。一般根据史籍记载认为，伊斯兰教于13世纪通过印度古吉拉特的穆斯林商人首先传入苏门答腊北部，后传至马六甲、爪哇等地。13世纪后期，须文达刺一巴赛建立伊斯兰教王国，成为向东南亚传播伊斯兰教的中心。据考古发现，于1297年去世的须文达刺一巴赛第一个国王的墓碑上刻有伊斯兰教曆635年和教名“素丹·马立克·沙”。马欢在《瀛涯胜览》中记述了苏门答腊等地的见闻，称其“国王国人皆为回回人”。13世纪末，伊斯兰教由苏门答腊的印度和阿拉伯穆斯林商人开始传入爪哇北部沿海地区，并和当地居民通婚，使爪哇的穆斯林人数剧增。在须文达刺一巴赛王国的印度、阿拉伯的苏菲派传教师到爪哇传教，兴建清真寺和学校，教授念诵《古兰经》，其中着名的伊斯兰传教师有苏南·马立克·易卜拉欣(?～1419)等9人，被尊为“九大吾里”，他们对伊斯兰教的传播起了很大作用。

15世纪信奉佛教的满者伯夷王国衰落，加速了伊斯兰教向各地的传播，各主要岛屿兴建起强大的伊斯兰教王国。1478年东爪哇的淡目国攻占满者伯夷王国首都，1527年占领谏义里，灭满者伯夷王国，建立最大的伊斯兰教淡目素丹国(1527～1582)。16世纪初，在苏门答腊北部，阿里·穆罕雅特·沙建立了亚齐素丹国(1521～1913)。在素丹伊斯坎达尔·沙(1607～1636在位)统治时期，亚齐成为东南亚的伊斯兰文化中心和前往麦加朝觐的启程地。1568年，西爪哇的万丹统治者沙哈鲁丁趁淡目王国内乱，宣布独立，建万丹素丹国(1568～1813)。后攻占雅加达、井里汶等地，于1579年灭西爪哇的印度教巴亚查兰王国。16世纪后期，梭罗的封建主推翻巴章的印度教王国，建立巴章素丹国。

1575年，日惹地区的封建主苏多威佐约(?～1601)被巴章国封为该地的政教领袖。1582年他率军击败巴章国，建立强大的马打蓝素丹国(1582～1755)。17世纪初，在素丹阿贡统治时期，几乎统一全爪哇并将势力扩展至巨港、占卑、马辰和苏卡达腊。1639年灭东爪哇印度教的巴拉班安王国。马打蓝国以伊斯兰教为国教，实行伊斯兰教法，採用伊斯兰教曆以代替塞种纪元，修建清真寺、宗教学校和苏菲长老的陵墓，发展伊斯兰学术文化，使整个爪哇岛完成了伊斯兰化的过程。

15世纪，已归信伊斯兰教的马六甲和爪哇商人将伊斯兰教传入马鲁古群岛，最先改奉伊斯兰教的是蒂多雷国王里加图，改名哲马尔丁，臣民也随之归信伊斯兰教。后德那底、巴赞、查依洛洛等小王国相继改奉伊斯兰教，并建立伊斯兰教王朝。后通过传教师将伊斯兰教传入马鲁古群岛的其他岛屿，16世纪初，马六甲穆斯林商人将伊斯兰教传入加里曼丹北部沿海地区。1550年，来自苏门答腊的传教师将伊斯兰教传入加里曼丹西部的苏加达纳王国，1590年国王吉里·库苏玛改奉伊斯兰教，臣民也随之改宗。加里曼丹南部的马辰王国由淡目传入伊斯兰教。群岛的内地部落民于18世纪改奉伊斯兰教。17世纪初，伊斯兰教通过商人和传教师传入苏拉威西，后建立望加锡、布吉斯、波朗等伊斯兰教小王国。

16世纪，荷兰殖民主义者开始入侵印尼。1619年，荷东印度公司占领雅加达，开始了长达350年的对印尼的殖民掠夺。印尼各族人民展开了反抗斗争，其中规模较大、历时较长，由伊斯兰教领袖领导的反抗有蒂博·尼哥罗起义(1825～1830)、伊玛目·朋佐尔领导的比达里教派起义(1821～1837)和亚齐战争(1873～1913)，沉重地打击了荷兰殖民主义者。1912年“印尼伊斯兰联盟”建立后，在领导和推动民族解放运动中发挥了重大作用。20世纪初伊斯兰教现代主义思潮由埃及传入印尼，以伊斯兰教学者塔希尔·哲拉鲁丁(1869～1957)和艾哈迈德·达赫兰(1868～1923)为代表的革新派，创办宗教刊物，建立伊斯兰文化教育组织，开办新式学校、医院和图书馆，发展现代教育。1942年日本占领印尼。1945年印尼宣布独立，同年制定的宪法规定，实行政教分离原则，信教自由；并规定了印尼建国的“五项原则”，即信仰唯一的真主、人道主义、民族主义、民主和社会公道。1950年8月，苏加诺宣布成立统一的印尼共和国。1959年他倡导“纳沙贡”，即民族主义、宗教和共产主义三大思潮合作。

印尼穆斯林绝大多数属于逊尼派，遵奉沙斐仪学派教法。来自印度和巴基斯坦的穆斯林多属什叶派。苏菲派和瓦哈比教派的学说和礼仪在一部分穆斯林中有一定影响。目前全国各岛屿共有清真寺和小礼拜寺369760座，仅首都雅加达有清真寺1194座，小礼拜寺4617座。1978年在雅加达兴建成国家独立清真寺，为东南亚最大的清真寺，可容10万人礼拜。各地建有14所伊斯兰学校和大学。在雅加达设有“伊斯兰研究中心”，经常举办伊斯兰学术讨论会。印尼的伊斯兰教组织派代表参加世界和地区性的伊斯兰会议和学术活动。印尼的伊斯兰教政党主要有：印尼伊斯兰联盟、伊斯兰教师联合会、伊斯兰真谛协会，上列组织组成建设团结政党。伊斯兰教民众团体有印尼伊斯兰教协会、印尼中华伊斯兰协会(华裔穆斯林组织)。各宗教组织均办有宗教报刊。印尼为“伊斯兰会议组织”、“世界伊斯兰大会”、“伊斯兰世界联盟”成员国。