（一）不再管理盟委行署信访局。

（二）增加指导、监督全盟政务信息公开工作的职责。

（三）强化服务和应急、督查工作职责。

（二）研究盟行署各部门和各旗（区）人民政府（管委会）请示盟行署的有关问题，提出审核意见，报盟行署领导同志审批。

（三）根据盟行署领导同志的指示，对盟行署部门间的重要问题进行协调，报盟行署领导同志决定。

（四）负责盟行署会议的组织準备工作，协助盟行署领导同志组织会议决定事项的实施。

（五）负责盟行署应急管理和总值班工作，协助盟行署领导同志组织处理需由盟行署直接处理的突发事件和重大事件。

（六）督促检查盟行署各部门和各旗（区）人民政府（管委会）对盟行署公文、会议决定事项及领导同志有关指示的执行落实情况并跟蹤调研，及时向盟行署领导同志报告；组织办理人大代表议案和政协委员提案。

（七）负责政务信息的採集、整理、传递等工作，为盟行署领导同志决策提供参考。

（八）负责盟行署各类档案、会议材料的蒙文翻译工作。

（九）对全盟政府系统政务公开工作进行管理、督促和检查。

（十）负责盟行署规范性档案的制定、备案审核工作；承担盟行政公署的行政複议工作；督促、检查行署各部门、各旗（区）人民政府（管委会）依法行政工作。

（十一）负责全盟外事工作、出国管理，指导礼宾接待工作；管理和统筹协调全盟侨务工作，负责侨务宣传、保护归侨、侨眷和华侨的合法权益。

（十二）承办盟行政公署和盟行政公署领导同志交办的其他事项。

根据上述职责，盟行署办公室设17个内设机构

（一）政务科

负责盟行署办公室的人事、工资、机构编制和工作人员的教育培训工作；承办机关党务工作和社会治安综合治理；承办行署办公室领导交办的其它工作。协助办公室领导处理日常公务。

（二）秘书一科

负责为盟行署领导同志提供服务，综合和报告各旗区、各部门、各行业的重要工作进展情况，负责组织起草盟行署领导及盟行署办公室各类文稿。

（三）秘书二科

负责为盟长、副盟长提供服务，联繫各部门的有关工作；承担文稿起草、会务及领导同志交办的其他工作。

（四）秘书三科

负责综合和报告各旗区、各部门、各行业的主要工作；负责草拟盟行署的重要报告、讲话及年度计画和；负责《阿拉善政报》的编辑出版；办理领导同志交办的其他工作。

（五）文电科

负责盟行署、行署办公室文电收发运转、印鉴管理、文书档案、机要保密等工作。

（六）会议科

负责盟行署常务会议、党组会议、全体会议等会务工作及盟行署领导同志内事活动；负责会议审批等工作。

（七）盟行署应急管理办公室（盟行署总值班室）

研究拟定全盟突发公共事件应急预案并组织实施，负责盟突发公共事件应急救援的指导协调、监督检查工作；研究分析区内外和全盟社会安全的相关情况，发布有关预警信息；负责组织协调全盟公共突发事件的宣传报导工作和应急处置业务培训工作；负责建立和完善全盟突发公共事件应急指挥平台，指导和检查全盟应急救援基地建设及物资储备工作；承担盟行署总值班工作。

（八）督查室

督促检查盟行署重要档案、会议议定事项及盟领导同志重要指示的贯彻落实；承办自治区政府、政府办公室和盟委、盟行署交办的督查事项，及时向盟领导和有关部门报告情况；负责由盟行署办理的人大代表建议和政协委员提案工作；承办领导交办的其他工作。

（九）研究室

围绕全盟重要工作，组织开展调查研究，向盟行署提出决策建议并跟蹤反馈盟行署重大决策的运行情况；负责全盟经济分析；负责盟行署其他重要文稿的起草工作，承办领导同志交办的其他事项。

（十）信息科

研究制订盟行署办公室政务信息工作计画；组织开展信息调研工作；负责全盟政府系统政务信息工作的组织指导和信息报送网路的管理工作；组织开展全盟政府系统政务信息业务培训和交流工作。

（十一）翻译科

负责盟行署、盟行署办公室档案以及其他部门上报的蒙文材料的翻译工作；承担全盟各类大型会议的报告、材料的笔译、口译工作；承办社会市面用语、印章、牌照等翻译的审定工作；承办领导同志交办的其他工作。

（十二）政务公开科

负责管理盟行署的政务公开工作，承担相关文稿起草、会务等工作；负责全盟政务公开业务的培训、宣传、信息收集整理和调研工作；承担盟政务公开领导小组办公室的日常工作。

（十三）财务审计科

负责行署办公室各项财务收支及有关经济活动的审计工作，负责预算执行情况和年度财务决算的审计；负责所属事业单位财务收支审计；负责对国家财经法规及行署财经规章制度的执行情况审计；国有资产管理和使用的审计监督；负责财务审计资料的整理、归档、保管、保密工作；完成领导交办或委託的其它审计任务。

（十四）法制一科

草拟规范性档案的制定、审查监督制度；对盟行署及盟行署办公室拟制发的规范性档案进行前置法律审核；负责各旗（区）人民政府（管委会）、盟行署各部门上报盟行署的规范性档案的备案审查工作；办理公民、法人和其他组织对盟行署和各旗（区）人民政府（管委会）、盟行署各部门规范性档案合法性的申请；负责全盟规范性档案制定的备案审查工作。

（十五）法制二科

负责盟行署行政执法责任制和评议考核制的具体工作；负责全盟行政执法主体资格和行政执法人员的培训、考核、发证和监督工作；承办自治区政府法规、规章徵求意见工作；负责开展政府法制工作的研究和交流，组织指导全盟政府法制工作人员的业务培训；协调处理行政执法机关之间的行政执法争议；承办向盟行署申请的行政複议案件，指导、监督全盟的行政複议工作；承办领导同志交办的其他事项。

（十六）外事科

贯彻执行我国的对外方针政策、涉外法规，以及盟委、盟行署关于外事工作的指示和决定；协调全盟重大外事工作和涉外活动，协助处理重大涉外事务；负责承办因公出国（境）的组团初审和报批工作；负责检查有关部门对因公出国（境）及邀请外国人来华等有关方针、政策的贯彻执行情况；归口联繫办理因公出国（境）人员的护照（通行证）、签证手续；配合有关部门做好外事接待工作。

（十七）侨务科

贯彻执行国家有关侨务工作的方针、政策、法律、法规；负责管理全盟侨务工作，对有关部门和社会团体的涉侨事务进行统筹协调；开展对国内外侨情的调查研究，向盟委、行署提供侨情信息；负责三资企业中华侨、华人、港澳同胞投资者身份认定、谘询、协调和联络等服务工作。

盟行政公署办公室机关行政编制为52名。处级领导职数10名（1正9副），其中秘书长（办公室主任）1名，副秘书长（可兼办公室副主任）7名，盟法制办公室主任、外事侨务办公室主任各1名；科级领导职数20名（17正3副）。

盟行政公署办公室核定工勤人员事业编制26名。设后勤保障科、综合保卫科、车队、文印科，核定科级领导职数5名（4正1副）。

1980年4月1日，行政公署办公室成立。1983年机构改革时撤销办公室建制，由行署秘书长、副秘书长代行办公室主任、副主任职责，实行秘书长制。1994年恢复办公室建制。
1983年，按照阿党发（1983）48号文的要求，内设文书科、秘书科、民族事务科、蒙语翻译科、管理科、车队，总编64人。盟委信访办公室改为行政公署信访科，隶属行政公署办公室。
1984年，蒙语翻译科更名为翻译科；6月，根据阿署发（1984）52号档案增设保卫科， 1988年5月更名为政保科，1995年8月政保科又更名为政工科。
1986年，行政公署信访科撤销，成立盟委信访办公室和行政公署信访办公室，两块牌子一套机构，为準处级单位。
1990年3月，行政公署法制办公室成立，对外称行政公署法制办公室，对内称行政公署办公室法制科；1991年6月，行政複议办公室成立，与行署法制办公室一套人马，两块牌子，合署办公。
1990年4月22日，行政公署外事办公室、行政公署接待处、盟侨务办公室和盟台务办公室成立，合署办公，一套人马四块牌子，为行政公署办公室职能科级单位。
1991年，行政公署成立盟旅游事业管理局、盟对外友好协会、盟口岸办公室，三个机构併入盟外事办公室合署办公。1995年盟外事办公室升格为準处级涉外职能单位。
1994年3月根据中共阿拉善盟委员会16号决定事项，办公室增设综合督查室，为科级机构。
1995年机构改革，按照《阿拉善盟行政公署办公室职能配置、内设机构和人员编制方案》（阿署办发（1995）85号），办公室内设机构8个职能机构，增设了信息电传室和财务审计科，行署办公室代管信访办公室、扶贫办公室。
1995年8月，盟外事办更名为盟外事旅游局。1996年初，扶贫办公室改设在盟农牧业局。
2002年，按照《内蒙古党委、人民政府关于阿拉善盟党政机构改革方案的通知》（内党发（2001）28号）精神，原盟外事旅游局承担的外事管理职能划入行署办公室，原盟外事旅游局承担的管理、协调口岸工作职能交由盟经济贸易委员会承担，原外事旅游局承担的侨务工作职能交由盟民政局承担，旅游管理由新设定的盟旅游局主管。办公室内设9个职能室，原文书科更名为秘书一科，原秘书科更名为秘书二科，综合督查室分设为秘书三科、督查室，信息电传室更名为信息室，政工科更名为政务科。事业科室撤销了财务审计科，设定了后勤保障科、车队、文印中心、综合保卫科。
2006年3月10日，按照自治区编委《关于理顺盟市侨务工作职能的通知》（内机编髮（2006年）1号）的要求，侨务工作职能交由盟外事办公室承担。
2006年6月，成立行政公署金融工作办公室，为行政公署主管地方金融证券工作的直属机构，挂靠在行政公署办公室，正科级单位；10月10日，行署办公室增设调研室。