一天晚上 ，怪盗在偷一颗极其珍贵的宝石「阿缇密斯的眼泪」，恰巧被来度假的柯南发现，在柯南即将用足球射向怪盗基德时候，怪盗基德转移柯南的注意力趁机逃脱。在逃离过程中，被在郊外等待追蹤他的少年侦探团（这里指步美、元太、光彦三人）用钓鱼线缠住并掉入即将改造成野生动物园的一座孤岛，就在怪盗基德逃脱的时候，柯南也发现了宝石的保管人根津社长及其秘书有蹊跷，于是也追蹤过去。

怪盗基德因为滑翔翼破损只好暂时停留在森林里，这时突然从树上掉下无数条虫子，怪盗基德在慌乱之中把斗篷、外套、都脱了（包括帽子和单片眼镜也被取下来了） 。赶来的少年侦探团发现了怪盗基德遗落的衣物，正巧怪盗基德在躲避少年侦探团的树丛里偶遇一条蛇跳出灌木丛（单眼镜片就是这样被吓掉的），因为长相和工藤新一相似，怪盗基德被少年侦探团误认为是工藤新一。

被当成工藤新一的怪盗基德和少年侦探团一起去”追赶怪盗基德“ ，而在途中， 经少年侦探团提示，意外发现偷来的宝石是居然是赝品，而且还有人放出鳄鱼和野猪想要除掉这一行人。为了躲避野猪，怪盗基德和少年侦探团又发现了根津社长私造枪枝和伪造宝石的秘密之处，差点被赶来杀人灭口的根津社长杀害，千钧一髮之际，柯南出现并帮忙一起摆平了根津社长。

，在海边的岩石上 戴着单眼镜片的怪盗基德在月光下检查钻石，发现这才是真品。而柯南为了报答怪盗基德救了少年侦探团，提出如果把钻石交还就饶他一次，怪盗基德把宝石扔给柯南后就消失在了茫茫夜色之中。

片尾时，还有一段小插曲小兰听说工藤新一也在岛上，号召大家一起去找工藤新一，而怪盗基德因滑翔翼破损，在寺井黄之助还没有赶来接怪盗基德时，打算划船回家。不幸的是，划船时船桨把基德最害怕的东西——鱼，给打上来了，本故事以怪盗基德的尖叫结束。（这是怪盗基德第一次以黑羽快斗的身份出现在名侦探柯南里）

歌名Hello Mr. my yesterday

Hello Mr. my yesterday

中文译名你好，我的昨日先生

演唱Hundred Percent Free

作词TackKo-KIL(R)UCCA

作曲藤本贵则

编曲寺地秀行、Hundred Percent Free