线网规划远景由8条线路组成，分别为1号线及其东延线、2号线、3号线、4号线及其西延线、5号线及其南延线、6号线、7号线、8号线。全网线路总长190.5km，共设定车站145座，其中换乘站21座。远景设定全面修车辆基地1处、重点修车辆基地4处、停车场7处。轨道交通系统制式拟採用跨座式单轨。

（1）轨道交通1号线及东延线

轨道交通1号线及东延线全长25.9公里，主方向为东西向，串联了主城区、城东片区和东部片区，衔接菏泽站枢纽、菏泽高铁站枢纽和汽车西站。由长城路起，讫于远景规划用地边界，途经昆明路、长江路、广州路、仓南路等。沿途设26座车站，其中换乘站8座。

（2）轨道交通2号线

轨道交通2号线全长40.3公里，主方向为南北向，串联主城区、城南片区和定陶片区，衔接定陶站。由昆明路起，向东经长城路、向南经人民路、曹均大道、定陶区青年路、济阴路，讫于定陶火车站。沿途设33座车站，其中换乘站9座。

（3）轨道交通3号线

轨道交通3号线全长18.2公里，为L型走向，串联了主城区和城南片区。途经牡丹路、青年路等，由长城路起，讫于万福河南侧的远期用地边界。沿途设16座车站，其中换乘站5座。

（4）轨道交通4号线及西延线

轨道交通4号线全长27.5公里，为L型走向，串联城西片区、主城区和城东片区。由远景规划用地西边界起，讫于上海路，途径黄河路、广州路、长江路。沿途设27座车站，其中换乘站6座。

（5）轨道交通5号线及南延线

轨道交通5号线全长38.8公里，为“Z”字型走向，串联主城区、城南片区、城东片区、东部片区和定陶城区。由北外环路起，讫于曹均大道，沿西安路、菏兰路、昆明路、闽江路、万泉路等敷设。沿途设35座车站，其中换乘站9座。

（6）轨道交通6号线

轨道交通6号线全长14.7公里，为机场线，串联城东片区和东部片区，衔接菏泽机场。沿长江路敷设，由上海路起，讫于菏泽机场。沿途设8座车站，其中换乘站2座。

（7）轨道交通7号线

轨道交通7号线全长9.7公里，为L型走向，串联主城区和城北片区。线路由北外环路南侧道路起，向北、向东沿人民路、G240敷设。沿途设6座车站，在外环北路南侧路与轨道交通2号线设换乘站1座。

（8）轨道交通8号线

轨道交通8号线全长15.4公里，为L型走向，实现东部片区的南北向贯通。线路由高铁组团服务中心起，向东、向北沿闽江路、国华大街敷设。沿途设15座车站，其中换乘站2座。

菏泽市城市轨道交通线网规划以协调与支持都市区发展为首要目标，提升中心城区首位度，加快菏泽都定陶市区一体化发展，逐步建立以轨道交通为骨干的公共运输出行模式，创造良好的城市环境。通过以下三个阶段，形成符合城市发展要求的线网建设时序。
起步阶段（2009年－2018年）
先期建设轨道交通1-2号线，形成覆盖牡丹区、开发区、定陶区的主要客流走廊，加强与曹县高铁站的联繫，线网规模169.05km，设站53座。
发展阶段（2018年－2030年）
远期建设轨道交通3、5号线，结合与定陶和邹城的衔接，完善开发区－定陶－曹县－的轨道交通联繫，完成都市区内骨架线网的3、5号线，全长196.87km。轨道交通线网总规模达到160.92km。
完善阶段（2030年以后）
在3条骨架线网的基础上延伸扩展，促进宁市都市区空间体系的形成，加强菏泽宁市区与东部经开区和机场的交通联繫。新增轨道交通2号线飞机场支线，全长36.78km，轨道交通线网总规模达到387.7km。