祖先李春芳为大学士，祖先李思诚为礼部尚书。崇祯四年（1631年）进士，授宁波府推官，擢刑科给事中。崇祯末年，以工科左给事中出封淮府；北京沦陷，复命南京，进本科都给事中。进言曰陛下从中原迁徙后，栉风沐雨，非常辛苦；

光武帝之不忘麦饭豆粥、唐太宗之不忘质衣僦舍，都是从安乐回忆艰难，以鼓励节俭，陛下也持这种自我激励，那幺安不忘危，侈源塞矣。否则，奢侈用一定会多起来，多藏必定会多征，徵税必会遇到麻烦；恐怕全盛时期天下的血汗也会用尽，何况今天吗？请整顿内外，丢掉无用的金玉，罢免不必要的进贡，不要以浪费小就去做，不要以节俭小就不为，如此国家和祖宗则幸甚。

九月，进言曰今各镇自为守土计，增设兵马，需器械，不考虑吏部的艰难，各部门私自增索金钱，追求奢侈，不顾财政的匮乏。公私交困，应该如何应对？请求命令各部考察直接徵收的数目，量入为出。当时朝廷上没有人有讨贼（李自成）的想法，但修文法、饰太平。而李清在这期间也请追謚开国名臣及明武宗、明熹宗两朝忠谏诸臣，加成祖庙奸谀大臣胡广、陈瑛等恶謚，又请追封冯胜、傅友德为王，赐之謚；皇上都同意了。

当时的人在议论说这些都不是当务之急。时已尊懿文太子朱标为康孝皇帝；李清请与兴献帝并祀于别庙，而奉明孝宗为不祧之宗。不听。北都之陷，镇远侯顾肇迹等十五人为贼所杀，诸勛臣朱国弼等请予殉国难例，赠荫庙祭。李清说顾肇迹等或禁、或拷，半膏贼刃，并不是殉难；，文臣如内阁丘瑜、方岳贡等，何尝不以拷禁死？而褒贬各半，祠祭依然挂着，文武官员却都不同心，又请裁宫中所用兽炭，省费千七百金。议者因谓时虽政乱，然言官尚有权，可惜大多数人都在争论小事，没有人在意国家大事。然李清在省中，号为清正，尝陈内治之说，言子胥之揣句践曰为人能辛苦。何谓辛苦？毋荒于觞，毋荒于琼宫、瑶台、南金、和宝是也。引以规讽时事云。明年二月，进大理丞。请更始宗庙号，修实录；又请修惠宗实录。并允之。四月，遣祭南镇。及南都失守，归隐于家，以着述自娱。阅四十年乃卒。