在遥远的Zi星球，生命是由金属构成的，经过上亿年的进化，出现了各种生物，也进化出了智慧生命Zi星人。Zi星人对这些机械生命体进行改造，用于各种用途，，不可避免的，一部分被ZOIDS机械模型改造成为战斗用的机械兽。这些机械兽被称为ZOIDS。

一次飞行事故，使得一艘地球飞船迫降到Zi星球。地球人有着比Zi星人发达的文明，他们的到来使得对于ZOIDS的改造有了彻底的改变。在Zi星1980年，对立的两个国家海立克共和国和赛奈巴斯帝国展开了激战，双方都加快了战斗性ZOIDS的开发。ZOIDS的近代史由此展开。